อัตเลติโกมาดริดเปิดบ้านรับบาร์เซโลนา ในเลกแรก เกมโกปาเดลเรย์ รอบ 8 ทีมสุดท้าย
เมสซิ ปั่นไกลเป็นประตูสุดสวย ช่วยให้บาร์เซโลนาเก็บชัยชนะได้ 1–2 ประตูและทำให้เขาเลื่อนตำแหน่งในทำเนียบดาวซัลโวสูงสุดในการแข่งขันถ้วยโกปาเดลเรย์ ขึ้นไปเทียบเท่ากับ อัลเฟรโด ดิ เอสเตฟาโน ที่ 43 ประตู 3 วันถัดมา วันที่ 4 กุมภาพันธ์ 2017 เมสซิยิงฟรีคิกได้ ในเกมลีกเปิดบ้านรับแอทเลติกบิลบาโอ
เป็นประตูจากฟรีคิกประตูที่ 4 ของฤดูกาล ฉลองการแข่งขันนัดที่ 700 (รวมสโมสรและทีมชาติ) ในชีวิตค้าแข้งของเขา วันที่ 26 กุมภาพันธ์ 2017 เมสซิยิงประตูชัยให้บาร์เซโลนาเอาชนะอัตเลติโกมาดริด ไปได้ 1–2 ในเกมลีก นัดเยือน สร้างสถิติทำประตูในลีกได้เกิน 20 ประตูต่อฤดูกาล ใน 9 ฤดูกาลติดต่อกัน และยังเป็นชัยชนะที่ 400 นับตั้งแต่ขึ้นทีมชุดใหญ่มาอีกด้วย วันที่ 1 มีนาคม 2017 เมสซิฉลองการลงเล่นเป็นตัวจริงให้บาร์เซโลนาในการแข่งขันอย่างเป็นทางการครบ 500 นัด ด้วยการทำประตูจากลูกโหม่ง และทำแอสซิสต์อีก 1 ประตู ufabet ในเกมลีก นัดเหย้า บาร์เซโลนาเอาชนะสปอร์ตติ้ง กิฆ่อนไปได้ 6–1 ประตู วันที่ 8 มีนาคม 2017 บาร์เซโลนาสร้างประวัติศาสตร์ เป็นทีมแรกที่สามารถพลิกนรก ผ่านเข้ารอบยูฟ่าแชมเปียนส์ลีกได้ ทั้งที่เลกแรกแพ้มาถึง 0–4 ประตู โดยสามารถเปิดบ้านเอาชนะสโมสรฟุตบอลปารีแซ็ง-แฌร์แม็ง ไปได้ 6–1 ประตู
นี้เมสซิยิงได้ 1 ประตู จากการยิงจุดโทษในช่วงเวลากดดัน เป็นดาวซัลโวแชมเปียนส์ลีกของฤดูกาลนี้ที่ 11 ประตู และวันที่ 19 มีนาคม 2017 การแข่งขันเกมลีก
นัดบาร์เซโลนาเปิดบ้านเอาชนะบาเลนเซียไป 4–2 ประตู เมสซิทำประตูดับเบิ้ล (ยิง 2 ประตูในนัดเดียว) ครั้งที่ 100 ได้ในสีเสื้อบาร์เซโลนา และสร้างสถิติทำประตูได้เกิน 40 ประตูในทุกการแข่งขัน 8 ฤดูกาลติดกัน
วันที่ 23เมษายน 2017 ศึกใหญ่ในตำนาน เกมลีก เอลกลาซิโก บาร์เซโลนาออกไปเยือน สนามซานเตียโก เบร์นาเบว ของเรอัลมาดริด โดยผลของเกมนี้เป็นที่จับตามองอย่างมาก เนื่องจากบาร์เซโลนาและเรอัลมาดริดอยู่ในช่วงขับเคี่ยวแย่งชิงแชมป์ลาลิกา โดยเกมนี้บาร์เซโลนาสามารถเอาชนะเรอัลมาดริดไปได้อย่างสุดมันส์ 2–3 ประตู ด้วยฟอร์มการเล่นอันร้อนแรงของเมสซิ suitecomptable.com โดยเลี้ยงหลบกองหลัง 3 คนไปยิงประตูสุดสวย ตีเสมอให้บาร์เซโลนาในครึ่งแรก และยิงประตูชัยเสียบมุมอย่างเฉียบขาดได้ใน 16 วินาทีสุดท้ายก่อนหมดเวลา เมสซิเป็นผู้เล่นยอดเยี่ยมประจำนัดในนัดนี้ไปอย่างไร้ข้อกังขา และทั้ง 2 ประตูในนัดนี้ยังเป็นประตูสำคัญในชีวิตค้าแข้งของเขาอีกด้วย โดยประตูแรกทำให้เขาก้าวข้ามอัลเฟรโด ดี สเตฟาโน ขึ้นไปนำเป็นดาวซัลโวในศึกเอลกลาซิโก ในเกมลีกอย่างเดี่ยว ๆ ที่ 15 ประตู
และขยับขึ้นเป็น 16 ประตูจากประตูชัย และยังขยับสถิติดาวซัลโวสูงสุดตลอดกาลในเกมเอลกลาซิโกทุกรายการแข่งขัน ที่เขาเป็นเจ้าของเดิมอยู่แล้ว ไปที่ 23 ประตูอีกด้วย ส่วนประตูชัยในนาทีสุดท้ายนั้นเป็นประตูที่ 500 ของเขาที่ยิงให้บาร์เซโลน่า ตลอดอาชีพการค้าแข้งในเกมที่เป็นทางการ